นับแต่ได้ก่อตั้งสำนักเรียนมา มีบูรพาจารย์ พระมหาเถระ และพระเถรานุเถระ ผู้มุ่งความเจริญแห่งการพระศาสนา ได้ร่วมกันบริหาร จัดการเรียนการสอน และสร้างคุณูปการต่อวงการศึกษาพระปริยัติธรรมมาจนถึงปัจจุบัน ดังมีทำเนียบดังต่อไปนี้
ทำเนียบเจ้าสำนักเรียนวัดปากน้ำ
ที่
รายพระนาม/รายนาม
ปีที่ดำรงตำแหน่ง
๑
พระมงคลเทพมุนี (สด จนฺทสโร)
พ.ศ. ๒๔๘๙-๒๕๐๒
๒
สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ (ปุ่น ปุณฺณสิริ ป.ธ.๖)
รักษาการ พ.ศ. ๒๕๐๒-๒๕๐๘
๓
สมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ (ช่วง วรปุญฺโญ ป.ธ.๙)
พ.ศ. ๒๕๐๘-๒๕๖๔
๔
พระพรหมโมลี (สุชาติ ธมฺมรตโน ป.ธ.๙)
พ.ศ.๒๕๖๕-ปัจจุบัน
ทำเนียบอาจารย์ใหญ่สำนักเรียนวัดปากน้ำ
ที่
รายนาม
ปีที่ดำรงตำแหน่ง
๑
พระพิพัฒน์ธรรมคณี (ธนิต อุปคุตฺโต)
พ.ศ. ๒๔๘๙-๒๔๙๘
๒
สมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ (ช่วง วรปุญฺโญ ป.ธ.๙)
พ.ศ. ๒๔๙๙-๒๕๐๘
๓
พระภาวนาโกศลเถระ (ธีระ ธมฺมธโร ป.ธ.๔)
พ.ศ. ๒๕๐๙-๒๕๑๑
๔
พระวิสุทธิวงศาจารย์ (วิเชียร อโนมคุโณ ป.ธ.๙)
พ.ศ. ๒๕๑๑-๒๕๖๔
๕
พระพรหมวัชรธีราจารย์ (สมจินต์ สมฺมาปญฺโญ ป.ธ.๙)
พ.ศ. ๒๕๖๗-ปัจจุบัน
ทำเนียบเลขานุการสำนักเรียนวัดปากน้ำ
ที่
รายนาม
ปีที่ดำรงตำแหน่ง
๑
พระราชโมลี (ณรงค์ ฐิตญาโณ ป.ธ.๔)
พ.ศ. ๒๔๙๐-๒๕๐๑
๒
พระมหาประยูร ณฏฺฐิโก
พ.ศ. ๒๕๐๒-๒๕๐๗
๓
พระครูนิทัศน์ธรรมธาดา (จรูญ พุทฺธสโร ป.ธ.๕)
พ.ศ. ๒๕๐๘-๒๕๐๙
๔
พระเทพปริยัติวงศ์ (พาย ภทฺทโก ป.ธ.๖)
พ.ศ.๒๕๑๐-ปัจจุบัน