ด้วยความที่พระเดชพระคุณหลวงพ่อวัดปากน้ำ เป็นพระนักการศึกษาผู้ยิ่งใหญ่ ดังเมื่อครั้งอยู่ ณ วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม ท่านศึกษาพระปริยัติธรรมด้วยตนเองด้วยความเพียรอย่างยิ่งยวด จนมีความรู้ความชำนาญ แม้จะมิได้เข้าสอบสนามหลวงก็ตาม และยังริเริ่มจัดตั้งโรงเรียนพระปริยัติธรรม โดยใช้กุฏิของท่านเองเป็นสถานที่เรียน มีพระมหาปี วสุตตมะ เปรียญ ๕ ประโยค เป็นครูสอน และท่านจัดหาถวายนิตยภัตถวายด้วยตนเอง จึงถือว่าพระเดชพระคุณหลวงพ่อวัดปากน้ำ เป็นพระนักการศึกษา ให้ความสำคัญกับการศึกษาอย่างยิ่ง ดังปรากฏอมตวาจาของท่านว่า

"...การศึกษานั้น เปลี่ยนชีวิตผู้ศึกษาให้สูงกว่าพื้นเดิม

คนที่มีการศึกษาดีจะได้อะไรก็ดีกว่าปราณีตกว่าผู้อื่น

คนมีวิชาเท่ากับได้สมบัติจักรพรรดิใช้ไม่หมด..."

หลังจากพระเดชพระคุณหลวงพ่อวัดปากน้ำ ได้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดปากน้ำแล้ว จึงได้มีการจัดการศึกษาพระปริยัติธรรมอันเป็นส่วนคันถธุระ ควบคู่การสอนวิปัสสนาวิชชาธรรมกาย อันเป็นส่วนวิปัสสนาธุระไปด้วย ในระยะแรก พระภิกษุสามเณรของวัดปากน้ำ ต้องไปเรียนที่วัดพระเชตุพนฯ สมัครสอบในสนามหลวงก็สมัครสอบในนาม สำนักเรียนวัดพระเชตุพน

ต่อมา ได้อาศัย พระสมุห์ธนิต อุปคุตฺโต (พระพิพัฒน์ธรรมคณี) เป็นกำลังสำคัญและเริ่มจัดการเรียนการสอนภายในวัดขึ้น โดยเริ่มเปิดสอนแผนกธรรมก่อน ในปี พ.ศ.๒๔๕๙ ต่อมาปี พ.ศ.๒๔๘๒ จึงเปิดสอนแผนกบาลี ทั้งนี้ วัดปากน้ำ ยังคงขึ้นอยู่กับสำนักเรียนวัดพระเชตุพน

ภายหลังมีพระภิกษุสามเณรเข้าศึกษา และมีผู้สอบไล่ได้มากขึ้นตามลำดับ พระมหาช่วง วรปุญฺโญ (สมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์) พระมหาณรงค์ ฐิตญาโณ (พระราชโมลี อดีตเจ้าอาวาสวัดราชโอรสาราม) พร้อมด้วยพระเถระผู้มีส่วนเกี่ยวข้อง จึงได้นำความปรึกษาพระเดชพระคุณหลวงพ่อวัดปากน้ำ เพื่อดำเนินการขออนุมัติจัดตั้งวัดปากน้ำเป็นสำนักเรียน เมื่อได้รับการอนุมัติจากหลวงพ่อแล้ว จึงได้ดำเนินการจนได้รับอนุมัติเป็นสำนักเรียน เมื่อปลายปี พ.ศ.๒๔๘๙

อย่างไรก็ตาม การดำเนินการบางประการยังไม่ครบสมบูรณ์ ในปีนั้น วัดปากน้ำจึงส่งนักเรียนเข้าสอบในนาม คณะอำเภอภาษีเจริญและกิ่งหนองแขม ไปก่อน ในปี พ.ศ.๒๔๙๐ จึงได้ส่งนักเรียนเข้าสอบสนามหลวงในนาม สำนักเรียนวัดปากน้ำ อย่างเป็นทางการ

ส่วนสถานที่เรียนของสำนักเรียนวัดปากน้ำนั้น เบื้องต้นยังไม่มีอาคารโรงเรียนพระปริยัติธรรมเป็นหลัก ได้ใช้อาคารและกุฏิบางแห่งเป็นสถานที่เรียน จนกระทั่งพระเดชพระคุณหลวงพ่อวัดปากน้ำได้มีวิสัยทัศน์อันยาวไกล ดำริจะสร้างโรงเรียนพระปริยัติธรรมขนาดใหญ่ ๓ ชั้น เพื่อจะรองรับจำนวนนักเรียนและการศึกษาที่เจริญขึ้น ซึ่ง ณ ขณะนั้น มีแต่ผู้เห็นว่าความคิดของท่านเป็นไปไม่ได้ แต่ด้วยความมุ่งมั่น พูดอย่างไร ทำอย่างนั้น ในปี พ.ศ.๒๔๙๓ จึงมีการประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์โรงเรียนพระปริยัติธรรม ซึ่งจอมพล ป.พิบูลสงคราม นายกรัฐมนตรี ได้ให้เกียรติมาเป็นประธานในพิธี และริเริ่มก่อสร้างโรงเรียนจนแล้วเสร็จในปี พ.ศ.๒๔๙๗

โรงเรียนพระปริยัติธรรมที่สร้างขึ้นมานั้น เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็กสูง ๓ ชั้น หลวงวิศาลศิลปกรรม และหลวงบุรกรรมโกวิท เป็นผู้ออกแบบและควบคุมการก่อสร้าง สิ้นค่าก่อสร้างจำนวน ๒,๕๙๘,๑๑๐.๓๙ บาท ภายหลังได้รับประทานชื่อจากเจ้าพระคุณสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ (ปุ่น ปุณฺณสิริมหาเถร) ว่า โรงเรียนพระปริยัติธรรมภาวนานุสนธิ์

โรงเรียนพระปริยัติธรรมภาวนานุสนธิ์ ได้เปิดเป็นสถานที่ทำการเรียนการสอนพระปริยัติธรรมของสำนักเรียนวัดปากน้ำ และยังเป็นสนามสอบพระปริยัติธรรมของคณะสงฆ์ทั้งแผนกธรรมและบาลีมาจนถึงปัจจุบัน รองรับพระภิกษุ สามเณร นักเรียนได้จำนวนหลายร้อยรูป นับว่าสร้างประโยชน์ได้มากมาย สมดังปณิธานของพระเดชพระคุณหลวงพ่อวัดปากน้ำที่ได้ตั้งใจไว้

ด้านการเรียนการสอน สมัยแรกได้เริ่มเปิดสอนแผนกธรรม แล้วจึงขยายมาเปิดสอนแผนกบาลีแต่ยังไม่ครบทุกชั้น สูงสุดเพียงประโยค ป.ธ.๔-๕ เท่านั้น โดยอาศัยครูสอนภายในวัดและนิมนต์หรือเชิญครูสอนจากภายนอกวัดด้วย นักเรียนผู้จะศึกษาชั้นประโยคที่สูงขึ้น จึงจำเป็นต้องเดินทางไปเรียนในสำนักอื่น เช่น สำนักเรียนวัดทองนพคุณ เป็นต้น

ต่อมา พระมหาช่วง วรปุญฺโญ ป.ธ.๙ (สมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์) ซึ่งพระเดชพระคุณหลวงพ่อวัดปากน้ำได้ส่งตัวไปศึกษา ณ วัดเบญจมบพิตร ได้กลับมาจำพรรษา ณ วัดปากน้ำ และดำรงตำแหน่งเป็นอาจารย์ใหญ่ของสำนักเรียนวัดปากน้ำ ท่านได้เล็งเห็นว่า การที่นักเรียนประโยคสูงต้องเดินทางไปศึกษาภายนอกเป็นความยากลำบากและใช้เวลามาก จึงริเริ่มให้เปิดสอนในชั้นประโยคสูงขึ้นมา คือ ประโยค ป.ธ.๕ ถึง ป.ธ.๗ และต่อมา สำนักเรียนเริ่มขยายชั้นเรียนจนถึงประโยค ป.ธ.๘ และจนถึงยุคที่พระวิสุทธิวงศาจารย์ (วิเชียร อโนมคุโณ ป.ธ.๙) เป็นอาจารย์ใหญ่ จึงได้เปิดสอนชั้นประโยค ป.ธ.๙ ตามลำดับ